داستان طغیان نایبیان و دار و دسته او یکی از موضوعات روز و حدود 140سال از شروع آن می­گذرد. ولی هنوز نتوانسته و دانسته نشده است محققین و مورخین که بدان پرداخته­اند هرکدام جانب خود را گرفته از طرفداران نایب حسین و دار و دسته­اش بوده­اند و او را عیّار و در زمره­ی جوانمردان دانسته­اند که طی مسافرت به کشورهای هند و پاکستان و ریاضت­های سخت، سپس به شهرِ یار و دیار آمده، یار ضعیفان و ستمدیدگان و دشمن سرمایه­داران و مستکبران گردیده است و از طرفی پس از آن که ملکه مهد علیا به دارفانی شتافت، دو سال دیگر در تهران ماند و طبق فرمان، قره سورانی قم تا اصفهان را گرفت و به کار راه­داری و امنیت راه­ها و شوارع پرداخت. تا اینکه به او خبر دادند همسرش و پسر و همسر پهلوان هاشم به دست دشمنانشان به قتل رسیده­اند و این موضوع علت و باعث یاغی­گری او وخاندانش شد و حدود (45 سال) خطّه کاشان تا یزد و نائین و اردستان و تون و طبس صحنه زد و خورد و جنگ و خونریزی و هرج و مرج و ناامنی قرار گرفت. همان­طور که اشاره شد این نظریه موافقین نایب حسین و دار و دسته او می­باشد که در کتاب «طغیان نایبیان» نوشته «محمدرضا خسروی» مشروحاً آمده است و نیز کتاب «حماسه نایبی» اثر «منتخب السادات یغمائی» که مرحوم ملک المورخین سپهر نیز مقدمه ای بر آن کتاب نوشته و با اهتمام آقای علی دهباشی در سال 1368 به چاپ رسیده است. حال ببینیم مخالفین که تعدادشان هم کم نیست چه می­گویند؟ حسن اعظام الوزراء قدسی در کتاب «خاطرات من» یا روشن شدن وقایع صد ساله اخیر بدین نکته اشاره دارد و اعمال و وحشی­گری­های نایب حسین و اتباع او را در کاشان و اطراف نطنز شرح داده و کشت و کشتار نایبیان را در شهر قدیمی و باستانی طبس و سوزانیدن کتابخانه قدیمی شهر به ویژه خونریزی و خونخواری یکی از اشرار به نام غلام کوچک برزی را مشروحاً نوشته و همچنین طریقه دستگیری نایب حسین و ماشااله خان سردار و دیگر نایبیان و اعدام آنها را در کاشان و تهران مفصلاً بیان داشته است. احمد کسروی نیز در کتاب مشروطیت و یا تاریخ هیجده ساله آذربایجان به این موضوع اشاره­ای دارد. نویسنده معاصر مرحوم حسن نراقی در کتاب «کاشان در دوران مشروطیت» و یا «تاریخ اجتماعی کاشان» و یا مرحوم آیت­الله ملاعبدالرسول مدنی و روزنامه­های زمان نایب حسین تماماً شرح کارها و جنایات نایب حسین و دار و دسته­اش را بیان داشته­اند. البته بعضاً نیز اشاره­ای به کارهای خیر نایب داشته­­اند. از جمله مرحوم آیت­الله ملاعبدالرسول مدنی که نظر خوبی به کارهای نایب حسین ندارد و او و دار و دسته­اش را از جمله اشرار شمرده، می­نویسد از جمله کارهای نیک نایب حسین، تأسیس یک معلم خانه بود که اطفال یتیم در آنجا ضمن تحصیل رایگان از لباس و خوراک نیز برخوردار بودند و در این اواخر به بعضی از سادات و اهل منبر کمک­های زیادی می­نمودند.